تم تطوير واعتماد نظام موضوعي ومتعدد المعايير لاختيار الطلبة في مدرسة اليوبيل بالتعاون مع مركز اليوبيل للتميز التربوي على أساس الكفاءة والقدرة. ويتم في كل عام (غالبا خلال شهر نيسان– أيار) قبول الطلبة من الصفين الثامن والتاسع الأساسيين للالتحاق بالمدرسة في الصفين التاسع والعاشر الأساسيين. ويقوم نظام اختيار الطلبة لمدرسة اليوبيل على عدة محكات هي:
- التحصيل الدراسي المتميز في آخر خمسة فصول دراسية، كون التفوق الدراسي من المؤشرات القوية على دافعية الطالب واستعداده للتعلم.
- اجتياز اختبار الاستعداد الأكاديمي، الذي يشتمل على قياس التفكير الرياضي واللغوي والمنطقي عن طريق مجموعة اختبارات طورت خصيصا لأغراض المدرسة.
- المقابلة الشخصية التي يستدل منها على الخصائص والسمات السلوكية للطالب/الطالبة مثل: القيادة وحب الاستطلاع والرغبة في المعرفة والتعلم والقدرة الإبداعية والطلاقة اللفظية.
الا أنه نظرا لكثرة أعداد المتقدمين للاختبار ومحدودية المقاعد في المدرسة، يتم قبول الطلبة على أساس تنازلي بالنسبة للنتائج التي يحققها الطلبة المتقدمين لاختبار القبول. ويتم في كل عام قبول حوالي 100 طالب وطالبة في الصف التاسع و15-20 طالب وطالبة في الصف العاشر وذلك من بين مئات الطلبة الذين يتقدمون للاختبار سنويا.